（1）由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
（2）肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。
（3）最后，肛瘘有恶变倾向，这也是我们必须高度重视的原因。调查发现，肛瘘是诱发直肠癌的重要原因之一。其诱发癌变的原因有以下几个方面：
a. 细菌感染：绿脓杆菌或结核菌等长期存在于瘘管内，缠绵不愈，导致癌变。
b. 长期的慢性炎症刺激：炎症的长期存在，使得脓性分泌物及粪便从瘘管排出，刺激细胞异常增生，导致恶性病变。
c. 药物刺激：长期大量地使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致癌变。
专家提醒，肛瘘久拖不治容易癌变，应该值得人们引起高度的重视。总之，肛瘘应早诊断、早治疗，防止病久癌变。患者在日常生活中要建立正常的膳食习惯，多吃些清淡含丰富维生素的食物，并及时治疗肛窦炎、肛乳头炎，肛周脓肿等可以引发肛瘘的疾病，并养成良好的排便习惯每日排便后保持肛门清洁，对预防感染有积极的作用。
