（1）遗传基因；
（2）在母体怀孕期间因用药不当影响到雄性激素的分泌，产生先天不足，缺乏健壮性机能的营养和元素，形成先天发育不良；
（3）青少年发育期间摄入的锌元素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用；
（4）皮过长，缺乏生长的必要空间，阻碍阴茎的发育生长；
（5）后天性的阴茎短小的原因，主要是因睾丸萎缩引起，如长期从事微波、超声、高温、放射线等作业的男性，青春期前腮腺炎合并睾丸寒及长期食用粗制棉籽油等，均可以引起睾丸萎缩；
（6）内体寒、怕冷、体内阳气严重不足，致使阴茎不能完全凸出，有部分阴茎仍缩于腹腔内；
（7）性生活过度、身体虚弱或在青少年刚发育期间手淫过频，使肾脏在发育时无能量去壮大发育性器官，形成阴茎短小；
（8）曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足；
（9）一些小腹部、耻骨联合部、会阴部脂肪丰满突出的男性，往往阴茎的发育欠佳，比起正常男性的阴茎会相对短小。
